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 从新媒体到融媒体，健康报社的融合之路已经走过近30年。早在上个世纪就开始触网，1999年上线健康报网；2007年数字版健康报开通；2010年手机报问世后，又推出iphone、ipad、安卓版；2013年开通第一个微信公众号。这个时期，报社传统纸媒依靠网络新媒体手段，通过建设新媒体平台向新兴媒体方向转型，收获了网络读者。

2014年开始，报社加强传统媒体与新兴媒体的互动交流。 2014年创办健康报移动健康研究院；2016年在村医导刊数字版基础上，开发和运营中国家庭医生签约信息服务平台；2017年健康中国（官方版）客户端上线运营；2018年建立涵盖微信、微博、头条号、抖音号、快手号、网易号、百家号、一点资讯号、人民日报客户端、澎湃号等几十个端口的政务新媒体矩阵；2019年国家卫生健康委将健康中国政务新媒体平台交于健康报社主办；2020年上线“健康中国行动”专网。

2020年报社全面整合“三报两刊一网两微一端”及健康中国政务新媒体平台，搭建了卫生健康全行业共享的融媒体指挥平台，构建起网上网下一体、内宣外宣联动的主流舆论格局。如今，健康报社已构建起纸媒与新媒，健康报系与健康中国平台双轮驱动的健康传媒新格局，传播覆盖人数过亿，新媒体粉丝数累计数千万。

2023年，经中宣部、财政部、国家卫生健康委批准，中国人口报社有限公司、《中国卫生》杂志社有限公司的国有资产，无偿划转入健康报社有限公司。健康报社与中国人口报社、《中国卫生》杂志社完成重组整合。